兴隆山国家级自然保护区位于兰州市东南的榆中县境内，南靠临洮，东临定西，西北与兰州毗邻，属祁连山的东延余脉。保护区总面积约33301公顷。兴隆山国家级自然保护区类型为森林生态系统类型，主要保护对象为野生动物马麝和天然原始老云杉林及其生态系统。

兴隆山国家级自然保护区地处东经103°50′-104°10′，北纬35°38′-35°58'。坐落在榆中县西南隅，南靠临洮，东临定西，西北与兰州毗邻，属祁连山的东延余脉。

兴隆山国家级自然保护区山脉系祁连山山系东延部分，由马衔山系的高中山群所组成，主要山脉有马衔山、兴隆山和栖云山。马衔山与兴隆山南北对峙呈马鞍形，兴隆山、栖云山两座主峰由马衔山分支曲折而来。山体长约37公里，宽约17公里，山势走向呈西北西东南南，地势南高北低，海拔在2000——3600米之间，马衔山主峰海拔3670.3米，比高为500——1000米之间，是黄土高原范围内唯一超过3600米的高峰。山体过境后，向东延伸终止于海浩瀚的黄土丘陵。

兴隆山国家级自然保护区地处东亚大陆内地，按全国自然区划气候分类为东部季风区，大陆性气候显著，属高寒半湿润性多雨气候。主要特征表现为四季分明，水热 同季。春季干燥多风；夏季昼热夜凉，初夏干旱，盛夏多雨；初秋阴雨稍多，深秋凉爽少雨；冬季寒冷少雪。年平均气温3─7℃，其中最高（7月）为 13─18℃，最低（1月）为零下8─9℃；活动积温为1800─2800℃；年降水量450─622mm，有效降水量340─520mm，降水频率不均匀，多集中在7、8、9月，降水量约占全年降水量的55%左右，在山地增雨作用下，一般海拔每升高100m降水量约增27mm。

兴隆山国家级自然保护区河流水系发育比较健全，长年流水的河道有兴隆峡、龛谷峡、徐家峡、分壑岔、麻家寺、水岔沟、官滩沟、新营、黄坪、马坡、银山等11条长流水河道，均发源于马衔山和兴隆山，年总径流量5349万立方米；其中兴隆峡径流量最大，正常径流量0.23立方米每秒，年径流量715.5万立方米；最小的徐家峡正党径流量 0.03立方米每秒，年径流量90.6万立方米。水质PH为6.9─8.1，硬度为5.8─14.8德度，属中硬度水，符合一般饮用水。

兴隆山国家级自然保护区内土壤主要是石质山地发育的灰褐土，此外尚有高山草甸土、亚高山草甸土、栗钙土和新积土。阴坡林地的地带性土壤为淋溶灰褐土。成土母质主为千枚岩、玄武岩、砂砾岩、火山岩等 残积物、坡积物以及黄土物质等。一般肥力较高，有机质含量为1.63%，但土层较浅。阳坡次生林地和灌丛地的地带性土壤为碳酸盐淋溶灰褐土。成土母质与阴 坡相同，但由于处地坡度较大，排水性好，光照充足，蒸发快，而碳酸盐反应强烈，多呈碱性，有机质含量低，肥力较差。海拔3000米以上地带，因空气湿度较 大，气温低，植被多以灌丛、草本为主，故土壤由亚高山草甸土过渡到高山草甸土。